Khó khăn đầu tiên xuất phát từ đối tượng nghiên cứu – mà có nó phân tâm học mới ra đời: Vô thức. Không nghi ngờ gì nữa, vô thức là lĩnh vực vô cùng phức tạp. Đến giờ vẫn có nhiều vấn đề về vô thức chưa được giải quyết dứt điểm, và như chúng ta đều biết, các trường phái phân tâm xưa nay vốn khác nhau như “mặt trăng, mặt trời”. Đây mới chỉ là câu chuyện ở phân tâm học chính thống, chuyên nghiên cứu thần kinh bệnh lý. Khi “ánh xạ” sang nghiên cứu văn học thì vấn đề trở nên phức tạp hơn rất nhiều. Sự phức tạp này bắt nguồn từ những đặc điểm khác biệt to lớn giữa phân tâm học và văn học. Như chúng ta đã biết, văn chương là nghệ thuật ngôn từ. Mà ngôn từ (hay ngôn ngữ) là công cụ biểu đạt một cách rõ ràng, hiệu quả và chính xác nhất của tư duy, ý thức – lĩnh vực cùng với vô thức tạo thành cặp phạm trù đối nghịch. Như vậy, tìm hiểu vấn đề vô thức ở một trong những phương tiện hữu hiệu nhất của ý thức, phân tâm học phê bình văn học quả đúng là làm một công việc tựa như vào hang cọp bắt cọp con khi cọp mẹ ở cạnh bên. Rất khó, nhưng không phải là không thể. Ở đây, chúng tôi muốn đề cập một luận điểm nổi tiếng của nhà phân tâm học người Pháp Lancan: Vô thức có cấu trúc như một ngôn ngữ. Luận điểm này phản ánh được rất nhiều điều. Nó không những khẳng định ngôn ngữ là một trong những công cụ giúp vô thức biểu hiện mà còn chỉ ra cơ chế, cách thức vận hành cũng như những đặc điểm để nhận dạng vô thức trong ngôn ngữ. Tất cả nằm ở từ “cấu trúc”. Chúng ta đều biết ngôn ngữ là công cụ biểu đạt của tư duy, vậy để có thể tồn tại ngay “trong lòng địch”, không có cách gì khác là vô thức phải tuân thủ theo đúng “cấu trúc” của ngôn ngữ, nhằm ngụy trang để tồn tại. Đấy là cơ chế hoạt động tồn tại song song. Nghĩa là vô thức sẽ “lén lút” tham gia vào quá trình lựa chọn ngôn ngữ biểu đạt của tư duy sao cho ngôn ngữ đó vừa biểu đạt được tư duy vừa biểu đạt được ham muốn của mình. Để tiện hình dung, chúng ta hãy tưởng tượng ngôn ngữ như một chiếc máy đa chức năng “n trong 1”. Cấu tạo chiếc máy này – ngôn ngữ – bảo đảm cho máy thực hiện một chức năng chính – biểu đạt tư duy – và một hoặc nhiều chức năng phụ đi kèm – biểu đạt vô thức – vậy. Do đó để lần phát hiện ra những biểu hiện – trong nhiều trường hợp là dấu hiệu – của vô thức, thì không gì hữu hiệu hơn là chúng ta “lần” theo những đặc điểm trong cấu trúc của ngôn ngữ[1], tìm ra những nét “ngụy trang” và bắt vô thức hiện nguyên hình. Tất nhiên đây là một công việc không dễ dàng. Sự thất bại xảy đến nhiều khi không phải do trình độ kỹ thuật kém hay chúng ta thiếu ý chí, nghị lực trong công việc mà bởi vì nó – vô thức không xuất hiện thật. Đấy là khó khăn thứ hai của phân tâm học phê bình văn học. Khó khăn về phạm vi ứng dụng lý thuyết. Khác với các phương pháp nghiên cứu khác, phân tâm học là một phương pháp kén đối tượng. Chúng tôi tin rằng các nhà phân tâm không hề có ảo tưởng rằng phương pháp mình theo đuổi có thể áp dụng đại trà cho tất cả các tác phẩm văn học. Phân tâm học dành cho một số lượng hữu hạn tác phẩm mà ngay từ đầu bằng trình độ, kinh nghiệm thậm chí cả cảm quan của mình, nhà phân tâm nhận ra – dù còn lờ mờ - một vài dấu hiệu của vô thức. Lúc đó thì nên kiên nhẫn khảo cứu, bằng không cách tốt nhất là “dẹp” phân tâm học sang một bên. Làm theo kiểu “cố đấm ăn xôi” sẽ chỉ đem lại cho chúng ta sự mệt mỏi, và tệ hơn là một kết quả chứa đầy tính ảo tưởng, võ đoán mà thôi. Khó khăn thứ ba bắt nguồn từ sự lệch pha giữa chuẩn mực nghiên cứu văn học và bản chất của vô thức. Quá trình nghiên cứu – hay phê bình – văn học, thường là quá trình nhà nghiên cứu đi tìm cái chân – thiện – mỹ trong tác phẩm, qua đó thấy được tài năng và nhân cách của tác giả. Dẫu rằng trong quá trình nghiên cứu có thể nêu lên một vài khuyết điểm, hạn chế về các mặt nội dung, nghệ thuật, chỉ ra một vài điểm bảo thủ, thậm chí là phản động trong tư tưởng của tác giả trong tác phẩm song về cơ bản nghiên cứu, phê bình vẫn đề cập đến khía cạnh nhân văn, khía cạnh “người”. Trái lại, vô thức là một lĩnh vực thiên về bản năng, về những góc khuất, những mảng tối trong tâm hồn con người. Những điều này không hẳn là xấu hoàn toàn - thậm chí trong đó còn lấp lánh ánh sáng của tâm hồn, trí tuệ - nhưng nhìn chung vẫn là một điều gì đó không hẳn là trái chiều nhưng là khác biệt với ba giá trị kể trên. Vậy nên, nhà phân tâm học cần thận trọng phải cân nhắc kỹ trong quá trình nghiên cứu. Nếu những điều mình phát hiện ra hợp với ba giá trị kể trên thì không có gì đáng bàn, song trong trường hợp ngược lại – thường là về vô thức của tác giả - (Có một thực tế là ba giá trị chân – thiện – mỹ không hẳn là bất biến. Mỗi thời đều có những tiêu chí khác nhau về ba giá trị này. Do vậy những góc khuất, mảng tối, hay vấn đề bản năng trong con người cũng sẽ được nhìn nhận, đánh giá lại.) thì nên cân nhắc kỹ trước khi quyết định có  công bố hay không[2].Vì điều này ảnh hưởng rất lớn đến tác giả và quan hệ giữa nhà nghiên cứu và tác giả đó. Khó khăn thứ tư, cũng là khó khăn dễ vượt qua nhất là định kiến xã hội về phân tâm học. Song theo thời gian, đây ngày càng trở thành vấn đề không đáng cho chúng ta phải bận tâm. Khó khăn thứ năm là thách thức lớn nhất thuộc về kỹ năng phân tích. Ở đây chúng ta đụng phải hàng loạt vấn đề cần giải quyết về mặt kỹ thuật. Trước nhất, cần phải phân biệt giữa vô thức tác giả trong tác phẩm và tác giả sử dụng yếu tố vô thức trong tác phẩm. Trường hợp đầu tiên là thuộc về vô thức thuần túy, trong khi viết vô thức của tác giả theo cách thức chúng ta phân tích ở trên len lỏi vào từng dòng chữ, từng trang viết thể hiện song song bên cạnh những chủ đề, tư tưởng, nhân vật, kết cấu tác phẩm…Trường hợp này rất khó phát hiện, và nếu có phát hiện ra cũng rất khó nói như chúng ta đã phân tích ở trên. Trường hợp thứ hai là việc nhà văn sử dụng các yếu tố thuộc vô thức – một cách có ý thức, có mục đích (PTD nhấn mạnh) vào tác phẩm văn học, nhằm tạo nên một hiệu quả thẩm mỹ nhất định, hay để truyền đạt một tư tưởng nào đó. Trường hợp này không phải thuộc về lĩnh vực vô thức mà thuộc về ý thức, về dụng công nghệ thuật thuần túy. Do vậy trường hợp này dễ phát hiện và dễ phân tích hơn nhiều so với trường hợp đầu tiên. Vấn đề thứ hai về mặt kỹ thuật là đòi hỏi về sự tích hợp, liên ngành trong nghiên cứu. Khi tiến hành nghiên cứu bằng phân tâm học, các nhà nghiên cứu buộc phải trải qua hai thao tác sau: